В 2009 году на основании Постановления № 758 от 27 мая 2009 года администрации муниципального образования "Багратионовский муниципальный район" Калининградской области МОУ НОШ п.Партизанское реорганизовано путем присоединения к ней МДОУ детский сад № 36 второй категории п.Партизанское в Муниципальное образовательное учреждение для детей дошкольного и младшего школьного возраста начальная школа - детский сад п.Партизанское (МОУ начальная школа - детский сад п.Партизанское).
В январе 2012 года на основании решения Совета депутатов Багратионовского муниципального района от 4 мая 2011 года №14 и Постановления администрации МО "Багратионовский муниципальный район" от 15 декабря 2011 года "О порядке создания, реорганизации, изменения типа, ликвидации муниципальных учреждений и установлений тарифов на их услуги " учреждение изменило тип на Муниципальное бюджетное образовательное учреждение для детей дошкольного и младшего школьного возраста начальная школа-детский сад п.Партизанское.
Постановлением администрации муниципального образования "Багратионовский муниципальный район" №0645 от 25 марта 2015 года учреждение было переименовано в Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение для детей дошкольного и младшего школьного возраста начальная школа-детский сад п.Партизанское.
Постановлением №0998 от 29.12.2016 администрации муниципального образования "Багратионовский муниципальный район" учреждение переименовано в Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение "Начальная школа-детский сад п.Партизанское".